1. 재배시스템 형태에 의한 분류
식물공장은 재배베드 설치방식과 광원의 이용방법에 따라 분류.

재배베드 설치방식에 의한 분류는 재배베드를 단층으로 하여 식물을 재배하는 수평형 식물공장, 재배베드를 여러 층으로 하여 재배하는 다단식 식물공장, 한 번의 공정으로 파종에서 수확까지 연속적으로 재배하는 수직형 식물공장으로 구분됨.

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2.광원에 의한 분류
광원에 의한 분류는 태양광만을 사용하는 태양광형 식물공장, 태양광과 인공광을 모두 사용하는 태양광·인공광 병용형 식물공장,인공광으로만 재배하는 인공광형이 있음.

태양광형과 병용형은 유리온실과 같이 빛이 통과하는 곳과 수평형 재배시스템과 수직형 재배시스템에 적합하고,인공광형은 빛이 들어오지 않는 건물의 다단식 재배시스템에 적합한 형태의 식물공장.

최근에는 새로운 개념의 차세대 농업기술로 도심의 고층건물에서 작물을 재배하는 빌딩형 식물공장이 주목받고 있음.
작물 재배 외에 농업체험, 관광, 식당, 영화관 등도 운영 가능.
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